Mult înainte de a fi un municipiu modern, cu blocuri, școli și fabrici, locul pe care se află astăzi Botoșaniul era deja locuit. Cercetările arheologice din zonă – inclusiv celebrele descoperiri legate de cultura Cucuteni, una dintre cele mai vechi și mai rafinate civilizații preistorice europene – arată că aceste meleaguri au cunoscut prezența umană încă din paleolitic, iar așezări stabile au existat aici, cu întreruperi, începând din epoca bronzului și fierului, până în Evul Mediu.
Cea mai veche dovadă scrisă a existenței târgului datează din 1350 și se găsește, surprinzător, pe pisania bisericii armene "Sfânta Maria" din centrul orașului – un detaliu care arată cât de timpuriu s-au statornicit aici comunitățile de negustori armeni, alături de localnici. Documentul rămas în memoria colectivă, însă, este cel din 1439, când cronica anonimă a Moldovei amintește, în câteva cuvinte dramatice, că "au venit tătarii și au prădat până la Botoșani" – dovadă că, la acea dată, târgul exista deja ca un loc suficient de important pentru a fi menționat de cronicari.
De unde vine numele orașului? Aici istoricii au mai multe teorii, niciuna confirmată cu certitudine absolută. Cea mai răspândită explicație leagă numele de un boier sau de o familie numită "Botaș" sau "Botoșani", atestată în documente vechi încă din vremea lui Ștefan cel Mare, ca una dintre familiile de seamă ale Moldovei. Alte teorii pornesc de la cuvântul regional "botoș", care în vechime denumea un fel de obiect purtat de localnici, sau de la diverse forme ale numelui propriu "Botoș"/"Botos". Misterul nu a fost încă elucidat complet, ceea ce face din povestea numelui orașului un subiect mereu interesant pentru pasionații de istorie locală.
Așezat la o răscruce importantă de drumuri comerciale europene, Botoșaniul a cunoscut, începând cu secolul al XV-lea, o dezvoltare economică remarcabilă. Negustori din toate direcțiile – armeni, evrei, greci, lipoveni, ba chiar și negustori veniți din Polonia sau din Imperiul Otoman – își aduceau mărfurile aici, transformând târgul într-un centru comercial înfloritor al Moldovei. Prima pecete a orașului, un păun cu coada răsfirată, simboliza chiar bogăția și rafinamentul aduse de acest comerț: se spune că modelul a fost inspirat de podoabele Doamnei Elena Rareș, soția lui Petru Rareș, achiziționate chiar din veniturile târgului.
Administrația orașului a evoluat firesc odată cu importanța lui economică. La sfârșitul secolului al XVI-lea, conducerea Botoșaniului era asigurată de un vornic numit de Doamna țării (orașul fiind, pentru o vreme, "apanaj" al doamnelor Moldovei), ajutat de un consiliu orășenesc format dintr-un șoltuz și 12 pârgari aleși de comunitate. O administrație modernă, în sensul de astăzi, avea să se constituie abia după 1820, când orașul a ieșit de sub tutela exclusivă a doamnelor domnești.
