Printre detaliile mai puțin cunoscute ale istoriei Botoșaniului se află statutul administrativ special pe care orașul l-a avut, timp de secole, în Moldova medievală și modernă timpurie: târgul Botoșanilor a fost, pentru o lungă perioadă, "apanaj" al Doamnelor Moldovei – adică un venit și o zonă de administrare rezervată direct soțiilor domnitorilor, nu domnitorilor înșiși.
Practic, veniturile generate de comerțul înfloritor al târgului – taxe, vamă, chirii pe spațiile comerciale – alimentau direct trezoreria personală a Doamnei țării, oferindu-i acesteia o independență financiară semnificativă față de domnitor. Acest sistem explică, de altfel, și unul dintre simbolurile heraldice ale orașului: prima pecete a Botoșaniului a fost un păun cu coada răsfirată, simbol al podoabelor pe care Doamna Elena Rareș, soția lui Petru Rareș, le-ar fi achiziționat chiar din veniturile generate de târg.
La nivel administrativ local, conducerea efectivă a orașului era asigurată, la sfârșitul secolului al XVI-lea, de un vornic numit direct de Doamnă, cu sarcina de a strânge veniturile acesteia, de a judeca pricinile locuitorilor, de a păzi liniștea publică și de a redacta documentele oficiale în numele târgului. Pe lângă vornic funcționa un consiliu orășenesc restrâns, format dintr-un șoltuz (un fel de primar al vremii) și 12 pârgari, aleși chiar de comunitatea negustorilor și meșteșugarilor locali – o formă incipientă, dar reală, de autoadministrare urbană.
Acest statut special a fost păstrat, cu unele variații, pentru multă vreme, iar o administrație modernă, în sensul de astăzi, s-a constituit abia după anul 1820, atunci când orașul a ieșit definitiv de sub tutela exclusivă a doamnelor domnești și a fost integrat în structurile administrative generale ale Moldovei, treptat aliniate la principiile moderne aplicate apoi în întreaga țară.
